Ngày 3-8-Quí Sửu (713) vào đời vua Đường Huyền Tông, tại chùa Quốc Ấn, sau khi thọ trai rồi, Lục Tổ kêu các môn đệ đến bảo rằng: - Các ngươi hãy theo ngôi thứ mà ngồi, ta sắp từ biệt chúng ngươi.

Tổ Sư nói bài kệ: Tự Tánh Chơn Phật, rồi dặn rằng:

- Chúng ngươi ở lại, chẳng nên theo thế tình mà buồn khóc ủ ê, hoặc thọ sự điếu vấn của người, hoặc mình mặc hiếu phục. Nếu như thế thì chúng ngươi chẳng phải là đệ tử của ta, vì đó chẳng phải là chánh pháp. Người biết bổn tâm và thấy bổn tánh mình thì tánh không động không tịnh, không sanh không diệt, không đi không lại, không phải không quấy, không ở chỗ nào, cũng không dời đổi. Ta sợ e chúng ngươi còn mê muội, không hiểu ý ta, nên nay ta dặn lại chúng ngươi, đặng cho chúng ngươi thấy tánh.

Sau khi ta diệt độ, phải y theo pháp ấy mà tu hành như lúc ta còn tại thế. Nếu làm trái lời ta dạy, dầu ta ở tại thế cũng không ích gì.

Sau đó, Tổ Sư ngồi thiền định, đến canh ba thì diệt hóa, thọ 76 tuổi.

Các môn nhơn làm tháp cho Lục Tổ ở Tào Khê, làm bia ghi lại đạo hạnh của Tổ Sư để làm kỷ niệm như vầy:

"Tổ Sư xuân thu bảy mươi sáu. Hai mươi bốn tuổi đã được truyền y, ba mươi chín tuổi xuống tóc, Tổ Sư thuyết pháp 37 năm. Trong các môn nhơn của Ngài có 43 người đạt đặng tôn chỉ và nối truyền chánh pháp, còn những người ngộ đạo siêu phàm chẳng biết bao nhiêu mà kể."

Còn cái tín y của Đạt Ma Tổ Sư truyền lại, cái áo Bá Nạp và cái bửu bát (của vua Trung Tông tặng), cùng cái chơn tượng của Tổ Sư do Phương Biện nắn, và cả thảy các món đạo cụ, đều giao cho người coi tháp xem sóc và giữ gìn vĩnh viễn nơi đạo tràng tại chùa Bửu Lâm xứ Tào Khê. Các món nầy cất giữ để lưu truyền với quyển Pháp Bảo Đàn Kinh đặng tỏ bày cái tôn chỉ của Tổ Sư cùng mở mang Tam Bảo mà phổ độ quần sanh.