Quang Trung có một chính sách tôn giáo rất tự do và rộng rãi: dù là người đề cao Nho giáo nhưng ông vẫn bảo đảm hoạt động cho các tôn giáo khác như Phật giáo và các tín ngưỡng khác. Về Thiên Chúa giáo, các giáo sĩ tự do hoạt động, truyền đạo, xây dựng nhà thờ. Nhưng đồng thời ông cũng thi hành chính sách bài trừ mê tín dị đoan rất mạnh, chấn chỉnh lại việc tu hành: nhiều chùa ở các làng có mà người tu hành lạm dụng để truyền bá mê tín dị đoan bị đập bỏ để xây duy nhất một cái chùa ở huyện cấp trên,đồng thời những người tu hành không đạo đức, những kẻ lưu manh, lười biếng đều phải hoàn tục.

Những câu nói nổi tiếng của ngài:Đánh cho để dài tóc
Đánh cho để đen răng
Đánh cho nó chích luân bất phản
Đánh cho nó phiến giáp bất hoàn
Đánh cho sử tri Nam quốc anh hùng chi hữu chủ