Nguyễn Kim đem quân đánh chiếm Nghệ An và thu phục luôn cả Thanh Hoá. Nhưng bỗng dưng Nguyễn Kim chết vì ngộ độc (1545), mọi bình quyền về tay Trịnh Kiểm. Việt Nam lúc bấy giờ bị chia đôi: từ Sơn Nam trở ra thuộc nhà Mạc, gọi là Bắc Triều. Từ Thanh Hoá trở vào là khu vực của nhà Lê hay gọi là Nam Triều.
Nguyễn Kim mất, để lại hai người con trai là Nguyễn Uông và Nguyễn Hoàng(1525-1613) cả hai tuy còn ít tuổi nhưng đã bộc lộ tài năng xuất sắc hơn người. Trịnh Kiểm không khỏi lo sợ cả hai sau này có thể tranh giành địa vị với mình, nên đã ngấm ngầm ngăn trở, và vì thế Nguyễn Uông chỉ mắc một lỗi nhỏ, Trịnh Kiểm cũng buộc Nguyễn Uông phải chịu phép gia hình. Nguyễn Hoàng thấy anh bị hại, sợ đến lượt mình, liền cử người kín đáo lên hỏi Trạng Trình. Trạng không trả lời cụ thể, chỉ đứng ngắm đàn kiến bò trên hòn non bộ trước sân nhà và thốt lên một câu:
“Hoành sơn nhất đái, vạn đại dung thân”
Nghĩa là từ núi đèo ngang ở Quảng Bình kia có thể yên thân được muôn đời . Từ câu nói đó, Nguyễn Hoàng nghiệm ra rằng trạng Trình đã bày cho kế đi vào phương Nam lập nghiệp.Từ năm 1558 Nguyễn Hoàng vội vàng đến nói riêng với chị là bà Ngọc Bảo xin Trịnh Kiểm cho vào trấn phiá Nam, năm mậu ngọ (1558) đời vua Anh Tông Trịnh Kiểm tâu vua cho Nguyễn Hoàng vào trấn đất Thuận Hoá, phía Nam dãy Hoành Sơn. Nhờ thế mà lập nên cơ nghiệp của họ Nguyễn ở Đàng Trong, truyền nối lâu dài.
Nguyễn Hoàng là người khôn ngoan, có lòng nhân đức, thu dụng hào kiệt giúp dân cho nên được lòng dân kính phục. Trấn giữ đất Thuận Hóa, mở đầu cho triều đình nhà Nguyễn từ từ khai phá cho ðến vùng ðồng bằng sông Cửu Long ngày nay.
Ngoài ra rất nhiều lời sấm được lưu truyền qua dân gian nhiều lời bàn diễn giải khác nhau câu : ” Cẩu vĩ trý ðầu, xuất thánh nhân ” ứng nghiệm vào việc vua Gia Long lên ngôi từ (1802-1819) thống nhất sõn hà vào nãm Nhâm tuất ngày 02-05-1802. trải qua 13 triều ðại .Hoàng ðế cuối cùng Bảo Ðại trị vì từ 1929 và thoái vị năm 1945 .
Tương truyền Trạng Trình nói trước nhà Mạc suy vong, tuy nhiên con cháu họ Mạc về đất Cao bằng tuy nhỏ nhưng được 3 đời là Mạc Kính Cung, Mạc Kinh Khoan và Mạc Kinh Vũ . Dòng dõi họ Mạc bị bắt, bị giết nhiều người đổi họ lưu lạc khắp nơi để mưu cầu sự sống !!!
Trạng Trình có 3 người vợ và 12 người con (7 trai 5 gái) các con trai đều có chức tước sau nầy. Ông mất ngày 28 tháng 11 năm đinh dậu, niên hiệu Diên Thành thứ 8 nhà Mạc (1585) hưởng thọ 94 tuổi. Trước khi chết, Trạng có ghi vào gia phả và dặn con cháu rằng:
Bình sinh ta có tấm bia đá sẵn và đã sơn kia. Khi ta mất rồi,, hễ hạ quan tài xuống phải để tấm bia đá ấy lên nắp rồi lấp đất. Chờ khi nào có khách tới viếng mộ và nói rằng: "Thánh nhân mắt mù" thì phải lập tức mời người ấy vào nhà, yêu cầu họ đổi hướng lại ngôi mộ cho ta. Nếu trái lời ta, dòng dõi về sau sẽ suy đồi lụn bại đấy. Con cháu nghe lời, làm y như đã dặn. Nhưng chờ mãi đến năm mươi năm sau, mới có người khách đến nhìn mộ cụ một lúc rồi nói:
Cái huyệt ở đằng chân sờ sờ thế kia mà không biết, lại tự đem để mả thế này. Vậy mà thánh nhân gì chớ, hoạ chăng là thánh nhân mắt mù.Người trong họ nghe được, chạy về báo với trưởng tộc. Ông này vội vàng ra đón người khách Tầu kia về nhà, xin để xoay ngôi mộ kia lại. Ra đó là một nhà phong thuỷ (Feng Shui) trứ danh ở phương Bắc. Ông ta sang là để đi tìm xem di tích của Trạng, bấy lâu ông ta đã nghe tiếng đồn.
Khi nghe vị trưởng tộc nói, ông ta sẵn lòng làm ngay, và tự đắc cho rằng mình giỏi hơn Trạng Trình. Ông ta bảo: Không cần phải đem đi đâu xa cả, chỉ đào lên rồi xoay lại, nhích đi một chút là được. Ông trưởng tộc bèn tụ họp con cháu lại, đưa thầy địa lý Tầu ra đổi lại ngôi mộ. Lúc đào đến tấm bia đá, ông ta làm lạ bảo đem rửa sạch xem những gì trên đó. Khi tấm bia được rửa sạch, mới thấy mấy câu thơ hiện ra: tạm dịch nghĩa:
"Ngày nay mạch lộn xuống chân
Năm mươi năm trước mạch dâng đằng đầu
Biết gì những kẻ sinh sau?
Thánh nhân mắt có mù đâu bao giờ?"
Đọc tới đâu vị khách Tầu đổ mồ hôi hột đến đó, ra Trạng Trình mà ông ta nghe đồn là giỏi thật. So với Trạng, có lẽ ông còn thua xa.
Năm 1930 Việt Nam Quốc Dân Ðảng lãnh tụ Nguyễn Thái Học (1901-1930) lãnh đạo cuộc tổng khởi nghiã ngày 10.2.1930 đánh Tây ở các tỉnh : Yên Bái, Hưng Hoá, Lâm Thao, Hải Dương, Kiến An. Thất bại bị Pháp đìên cuồng ném bom tàn phá làng Bảo an để trả thù. Có lời đồn Trạng Trình đã tiên đoán :
Kìa kìa gió thổi lá rung cây
Rung Bắc rung Nam rung tới Tây
Tan tác kiến kiều an đất nước
Xác xơ cổ thụ sạch am cây
Lâm giang nổi gió mù thao cát
Hưng địa tràn dâng hóa nước đầy
Một ngựa một yên ai sùng bái
Nhắn tin nhà vĩnh bảo cho hay „
---------------------------------------
Thoát nạn sập nhà
Trước lúc mất, Trạng có giao cho con cháu một ống tre sơn son thếp vàng, bịt kín hai đầu, và dặn đúng năm tháng ấy, ngày giờ ấy, phải để cái ống ấy vào kiệu rước lên dinh Thống đốc Hải Dương, trao cái ống này cho quan thì sẽ cứu được tình thế gia đình. Khi Trạng mất, hằng trăm năm sau,