Nói đến truyền thừa thì phải nói đến 2 khía cạnh: có sự ghi chép của con người thế tục (lịch sử) và không có sự ghi chép của con người thế tục (truyền thuyết, tín ngưỡng,….)

Đất Tây Tạng không bị hộ lâu dài hàng nghìn năm như VN và lại thuần khiết là đạo Bon và Đạo Phật nên rất dễ giữ gìn và ghi chép. Lịch sử Tây Tạng gắn liền với lịch sử Phật Giáo Tây Tạng nên việc ghi chép truyền thừa rõ ràng là dễ hiểu.

Đất VN thì bị TQ đô hộ hàng nghìn năm, không ít kinh sách đã bị tiêu huỷ khi không đuợc chính sách đô hộ ủng hộ. Phật giáo VN vì thế cũng ảnh hưởng ít nhiều bởi Phật giáo TQ. Bản thân Phật giáo TQ cũng trải qua nhiều nạn diệt pháp Phật nên Phật giáo VN cũng bị nạn chung trong thời kỳ bị đô hộ. Việc ghi chép lịch sử VN còn gặp nhiều khó khăn huống chi là lịch sử Phật giáo nói chung và Mật Giáo VN nói riêng. Đó là nói về việc ghi chép trong lịch sử.

Còn về truyền thuyết thì ngài Long Thọ (Tổ sáng lập Mật Tông) cũng nói rằng do được Pháp thân Phật Tỳ Nô Giá Na (Vairocana) thuyết pháp Mật Tông. Mà Pháp Thân Phật Tỳ Nô Giá Na không phải là nhân vật lịch sử. Vậy thì việc truyền thừa hay không truyền thừa của Mật Tông có khác gì nhau đâu khi đều bắt nguồn từ nhân vật không có trong lịch sử (không có cha me, tên tuổi, nơi sinh) là Pháp Thân Phật Tỳ Nô Giá Na.

Việc chứng minh Mật Giáo có truyền thừa hay không truyền thừa chỉ là ham ngọn bỏ gốc.

Sau 600 năm khi Phật nhập diệt, đạo Phật bước vào giai đoạn suy tàn ở Ấn Độ, ngài Long Thọ ra đời và đã thuyết kinh Mật Tông đầu tiên bằng sự ra đời Pháp thân Phật Tỳ Nô Giá Na (vairocana), và từ đó khái niệm Báo thân của các Bồ tát (bodhisiva) cũng ra đời và Phật Thích Ca Mâu Ni trở thành Ứng thân hay Hoá thân (dưới dạng thân người bình thường). Chính vì có sự thay đổi lớn này trong Phật giáo mà các nhà nghiên cứu tôn giáo và lịch sử đều cho rằng ngài Long Thọ là Đức Phật thứ 2 (nhân vật lịch sử).

Như vậy thì Mật Tông Tây Tạng và Mật Tông Việt Nam hay Mật Tông toàn thế giới đều có 1 Tổ chung là ngài Long Thọ. Còn việc phân nhánh các giáo phái Mật Tông thì cũng chỉ là các nhánh cây trên cùng một thân cây chứ có khác gì. Bên Thiền Tông đến đời Lục Tổ cũng không còn truyền tâm ấn, nhưng cách nhánh thiền thì cứ toả ra rộng khắp, mỗi nơi mỗi cách tu đâu có phân biệt gì.

Về quán tưởng Mật Tông VN thường quán chữ và an bố chữ trên thân hành giả. Chữ quán thường là các chủng tự của chư Phật và Bồ tát
Về trì chú thì trước đây thường trì chú tiếng Hán, sau này đổi dần sang tiếng Phạn tương đương
Về bắt ấn thì Mật Tông VN cũng bắt ấn giống như Mật Tông Tây Tạng trong các phép tu Adidà, Quán Thế Âm, ...

* Ở đây sự khác biệt rõ ràng nhất của Mật Tông VN là quán tưởng chữ chứ không quán tưởng chuyển hoá thân thành bổn tôn (yidam) như Mật Tông Tây Tậng. Đây cũng là sự từ bi của các vị tổ Mật Tông VN ẩn mình hiểu được cơ sự của đất nước để người trì tụng, quán tưởng đạt tới thành tựu tu tập không có truyền thừa mà không bị gặp chướng ngại nên thay vì quán thân thành bổn tôn thì quán chữ chủng tự bổn tôn.

* Mật Tông VN không có cúng dường Mạn-đà-la như Mật Tông Tây Tạng. Do ảnh hưởng của Khổng Giáo, nên các mạn-đà-la của của Mật Tông VN thường là các câu thần chú hay chủng tự bổn tôn được viết lên giấy vàng chữ đỏ, và khi viết được viết bằng sự quán tưởng trong thiền định khi hành lễ hay cầu khẩn chư Phật, hộ pháp.

* Mật Tông VN không có nhũng bức tranh Thang-ka như Mật Tông Tây Tạng. Do đặc điểm các tổ sư Mật Giáo trông bên ngoài thường tu Hiển Giáo như Tịnh Độ hay Thiền Tông nên các ngài không bày hay không thờ các thang-ka (vẽ các hình Yidam - là Báo thân Phật)

Còn về phần kinh sách Mật Tông VN đã có sự chắt lọc và loại bổ cho phù hợp với xứ sở người Việt, nhà Phật gọi là đồng nghiệp (cùng chung dòng máu Việt, nghiệp lực là người Việt, cảnh giới là người Việt, tập quán là người Việt). Ví dụ như kinh Bí Mật Tập Hội của Mật Tông Ấn Độ du nhập vào Tây Tạng nhưng không thể nào tồn tại ở đất Việt Nam. Xin trích đoạn dưới đây:

'' Trong các bộ kinh sách Kim Cương Thừa như Bí Mật Tập Hội (Sri-samaja còn gọi là Guhya-samaja), Nghi Quỹ (Sadhana)...chúng ta thấy có sự khuyến khích việc vi phạm chính năm giới nền tảng của Giới luật Phật giáo. Chẳng hạn, trong Bí Mật Tập Hội thì khuyên việc sát nhân, lừa dối, trộm cắp và ngoại tình. Có thể nào tưởng tượng Đức Phật lại cho phép làm những việc như thế.''

'' Trong tất cả các xu hướng của Phật giáo thì giáo lý Mật tông cho đến ngày nay vẫn bị xem thường và ngộ nhận. Các phép tu luyện của Mật Tông bị nhiều người kết tội, bắt nguồn chủ yếu chủ yếu từ những truyền thống Ấn Độ giáo suy đồi và những việc làm bất chính mà các truyền thống này gây ra trong đám người ngu dốt. Thành kiến chống lại Mật Tông như thế mạnh mẽ đến nỗi ngay cả các học giả cũng từ bỏ không muốn dính dáng đến nó. Kết quả là mọi sự nghieê cứu vô tư về giáo phái này bị gác bỏ suốt một thời gian dài.''

Trích từ 2500 Phật giáo (2500 years of Buddhism) của Bộ Thông Tin và Truyền Thông Ấn Độ (tái bản lần thứ 6 - 1997) do 28 tiến sĩ, giáo sư và tu sĩ ở các viện đại học và tu viện lớn ở Ấn Độ.

Đến đây tôi xin hỏi các bạn: Trước khi Phật thành đạo ngồi ở gốc cây bồ đề, Phật tụng kinh gì ? trì chú gì, bắt ấn gì ? quán tưởng gì ? để thành Phật !