Còn các câu chú trong Mật tông là tập hợp các Chủng Tử "Phật" được kích hoạt bởi hai thành phần "Ánh Sáng" (đại diện bằng một hình ảnh" và "Âm Thanh".
Khi Trì tụng các Chủng tử đó sẽ rung động kích thích các "Chủng tử" tương ứng có sẵn trong Tâm nhưng đang bị che khuất bởi Vô Minh.

Do vậy phương pháp Trì Chú có tác dụng đối trị Vô Minh rất khoa học.