Mật tông nói rằng mỗi loại khí trong cơ thể - tạng ngữ gọi là lung - tương ứng với một tầng tâm thức. Tâm và khí có nhiều tầng thô lậu và vi tế khác nhau. Mỗi loại khí kết hợp với một tầng tâm thức, phát sinh thành hình ảnh ý tưởng trong tâm. Như khi đi ngủ, chúng ta từ từ chìm sâu vào giấc ngủ, tâm thức càng lúc càng trở nên vi tế, phần tâm và khí thô lậu lúc tỉnh dần dần thu về hội tụ ở vùng tim, làm hiển lộ các tầng tâm và khí càng lúc càng vi tế. Vì vậy dần dần chúng ta mất tri giác, bắt đầu nằm mơ vân vân. Khi thức dậy, các luồng khí lại tán khỏi vùng tim, tâm thức càng lúc càng trở nên thô lậu cho đến khi thức giấc. Chúng ta đã từng nhiều lần trải qua những kinh nghiệm như vậy với các tầng tâm khí thô-tế khác nhau.
Hiển tông và ba bộ mật pháp dưới của Mật tông vận dụng lớp khí và tâm thô lậu để thiền quán tu tập. Chỉ riêng các mật pháp trong Mật tông tối thượng du già là không làm như vậy mà cụ thể thâu nhiếp các tầng tâm và khí thô lậu để làm hiển lộ tầng tâm và khí vi tế nhất. Rồi vận dụng tầng tâm thức vi tế nhất để thiền quán về tánh Không và về thân Phật, nhờ vậy có thể triệt bỏ mọi phiền não thô-tế, cùng với tất cả mọi tập khí phiền não, đồng loạt thành tựu tam thân Phật.
Phương pháp này chỉ có trong Mật tông tối thượng du già, vì vậy mà nói Mật tông tối thượng du già thâm diệu nhất. Ðó là vì ở đây có cả một hệ thống trình bày về khí, khí mạch, cùng những thành phần luân chuyển trong đó. Khi chạm tới điểm tinh túy nhất của thân kim cang, hành giả thu nhiếp hết những tầng tâm khí thô lậu để hiển lộ phần tâm khí vi tế nhất, lấy đó làm nền tảng thiền quán tánh Không và thiền quán thân Phật.
Ðọc lại cuộc đời của đức Phật thấy nói Phật đi qua nhiều vùng đất Ấn độ, làm nhiều thiện hạnh để giáo hóa đệ tử căn cơ khác nhau. Ở thành Sarnath có một nơi trên đá còn khắc lại những thiện hạnh Phật đã làm. Trong đó có chỗ ghi lại thần thông Phật thi triển để hóa độ người ngoại đạo đến thách thức Phật. Trên đá khắc hình Phật phóng ra từ trái tim hai đóa sen, trên mỗi đóa sen lại có hình một đức Phật.
Khế kinh có diễn tả về loại thần thông này, thật không thể nghĩ bàn. Từ tim Phật hiện ra hàng ngàn, hàng triệu, hàng tỉ hóa thân. Có hóa thân của thân Phật, có hóa thân của miệng Phật, có hóa thân của ý Phật, tất cả đồng loại hiện ra đầy ắp không gian vô tận. Ðiều này khế kinh có ghi rõ. Ngoài ra, trong hạnh nguyện vương của Phổ Hiền, có một câu tụng rằng: "trên đầu mỗi sợi tóc có vô lượng cảnh giới Phật", trong mỗi cảnh Phật có hàng triệu Phật đà và quanh mỗi Phật đà là hàng triệu bồ tát". Lấy thân và tâm thô lậu như của chúng ta đây mà nói, điều này chỉ có thể là chuyện hoang đường. Nếu thật sự thân và tâm của Phật cũng thô lậu như thân và tâm chúng ta đang có đây, đừng nói chi ngần ấy Phật và bồ tát, chỉ một vị thôi cũng không thể đặt lên đầu ngọn tóc.