Nhưng chỗ Đức Phật Thầy ngụ lại hơi lâu là tại Trà Bư.

Bấy giờ bịnh dịch lan tràn dữ dội. Đầu trên xóm dưới chết. Đau một giây một giờ rồi chết. Mà chết nhiều không kịp chôn. Thiên hạ hoảng sợ. Bè tống ôn tống gió bềnh bồng đầy sông. Ngoài đường vắng người đi. Ban đêm chó không dám sủa. Mà thỉnh thoảng có vài tiếng chó sủa thì người ta lại tưởng tượng là có âm binh về. Hễ nghe tiếng lộp cộp là ớn da gà, biết rằng trong xóm có một nắp quan tài vừa đậy lại. (2)

Nhân dân Tòng Sơn sợ hãi, hối tiếc rằng mình có Phật trong nhà mà đi cầu ma ngoài đường, nên yêu cầu ông Đoàn Văn Điểu cùng đi với chức việc làng đến Trà Bư thỉnh Đức Phật Thầy trở về. Bấy giờ tại Trà Bư người ta đến cầu Ngài chữa bịnh đông như kiến cỏ, nên Phật Thầy không về Tòng Sơn. Ngài dạy các ông ấy hãy trở về đình, nơi Ngài nghỉ đỗ trước kia, tìm cái nang bằng mo cau dùng làm đảy đựng vật dụng mà Ngài còn để lại, sẽ có “cây thẻ năm ông” trong đó. Hãy cầu vái Phật Trời rồi thỉnh thẻ ấy mà uống thì tật bịnh tiêu trừ.

Thật vậy, trong cái mo nang còn lại, người ta thấy có một cuốn Sấm Giảng, một tấm trần đỏ và một cây cờ ngũ sắc. Tấm trần đỏ tức thời được thượng lên thờ tại đình, quyển Sám Giảng được chuyền tay nhau đọc; còn cây cờ ngũ sắc thì chỉ trong ít ngày, người ta thỉnh về uống sạch (3). Chẳng những vải cờ mà cho đến cả cán cờ, chưn nhang và tro nhang trên bàn cũng không còn. Bằng phương pháp đơn sơ như vậy, Đức Phật Thầy đã chận đứng được con bịnh ở thôn Tòng Sơn.

Tháng 8 năm ấy, Ngài đến Xẻo Môn, thôn Kiến Thạnh (giờ đây là xã Long Kiến) xuất hiện như một người cuồng, gây kinh dị không ít cho dân chúng. Nhưng rồi ai nấy vô cùng thán phục bởi đức độ và tài năng của Ngài. Ngài vừa chữa bịnh, vừa thuyết pháp dạy tu, người quy y đông vô số.

Chỉ bằng một mảnh giáy vàng xé nhỏ, một chút nước lã hoặc một miếng giáy áo nhang, Phật Thầy không những trị bịnh thiên thời mà còn trị cả đến các bịnh ho, suyễn, cùi, phong, điên; bịnh hậu thổ huyết, bịnh trùng tang thằng bố. Mà trị đâu thì hết đó, tiếng đồn vang khắp, khiến người đến chiêm ngưỡng Ngài như nước triều dâng.

Những người quy y với Phật Thầy đều được phát cho một lòng phái bằng giấy vàng hay giấy bạch, trên đóng ấn triện có bốn chữ Bửu Sơn Kỳ Hương. Tông phái nầy coi như được sáng khởi vào mùa Thu năm Kỷ Dậu (1849) mà Đức Phật Thầy Tây An là Giáo Tổ.
Ngài luân lưu chữa bịnh, thuyết pháp và truyền giáo tại Lòng Ông Chưởng ít nhất là vào mấy tháng của mùa thu năm ấy; các địa điểm có mang vết chân Ngài được biết chắc chắn là tại đình thần thôn Kiến Thạnh (xưa ở Chưng Đùng), tại cốc ông Kiến (nay là Tây An Cổ Tự) và tại chùa Sư Nhựt (thôn Kiến An). Nhưng kế rồi Ngài lâm nạn, phải ngưng hoạt động.

Viễn nhân đưa đến hoạn họa cho Đức Phật Thầy là do sự nghi kỵ của chánh quyền đương nhiệm. Nguyên là miền Nam cho đến cuối đời Gia Long, vẫn còn là một biên phương ô tạp. Theo Đại Nam Chánh Biên Liệt Truyện, Đại nam Thực Lục Chánh Biên và nhiều cổ sử thư thì người Thổ, Người Minh Hương, người Đồ Bà, người Chàm… và người Việt ta chung sống trên một vùng đất rộng ven các nhánh sông Tiền và Hậu. Tín ngưỡng quá phức tạp. Mê tín thì dẫy đầy. Đồng bong ma quỷ như thường xuyên lẫn lộn bên nhau. Những tụ tập làm loạn thường dựa vào tình trạng phức tạp đó mà nổi dậy, khiến chính quyền phải cấm ngăn phù thủy. Cãi thì trừng phạt bằng roi, hoạc bắt khổ sai xay lúa, giã gạo. Thế mà các đám giặc chòm vẫn cứ tiếp tục nổi lên, trong đó thường có các tăng sải chủ mưu. Theo sách Bản Triều Bạn Nghịch Liệt Truyện (4) thì giặc Sải Kế là một loạn đảng quá dữ dằn, dám xưng vương, cướp phá lung tung các hạt trên Miên và tràn xuống đến Định Tường để cáp duồng, cướp bóc vào nhữg tháng thượng bán niên Canh Thìn (1820). Kế đến năm Thiệu Trị nguyên niên (1841), nhiều cuộc loạn lại nổi lên ở Miên do các tên đầu đảng là Đột và Cố. Nước Xiêm nhân đó đưa đưa Nặc Ông Đôn về Miên cướp quyền bảo hộ của Việt Nam, xúi dân làm loạn, cướp phá đến kinh Vĩnh Tế (5). Rồi thầy sãi Lâm Sâm (cũng gọi là Sư Sâm) thừa cơ dậy giặc ở Vĩnh Long và Trà Vinh, y có tới bảy tám ngàn đồ đảng, tất nhiên là có nhiều “thầy tu” chỉ huy, chiếm cứ Lạc Hoá, giết cả đến quan Bố Chánh Trần Tuyên và quan Tri Huyện Huỳnh Hữu Quang (6). Tiếp theo là Thiệu Trị thứ năm và thứ sáu (1845, 1846) Cao Miên liên tiếp có loạn, làm rối rắm Nam Kỳ, trong đó thường có sự tham gia của các sư sãi người Miên. Chính vì vậy mà khi nghe tin Đức Phật Thầy có uy lực tụ tập mỗi ngày hàng ngàn người, tự nhiên là triều đình phải sợ.

Còn cận nhân gây ra tai nạn cho Phật Thầy là do bọn thầy cúng, bọn lang băm và bọn phù thủy bất học vô thuật. Chúng ganh tỵ trước sức thu hút quần chúng quá lớn lao của Đức Phật Thầy, vì Ngài có thể gây thất nghiệp cho chúng. Chúng tìm mọi cách để chỉ trích các phương pháp chữa bịnh, truyền giáo và hành giáo của Ngài. Đói ăn rau, đau uống thuốc, Đức Phật Thầy chữa bịnh không dùng thuốc, là một cái nghi. Thầy chùa thì phải đầu tròn áo vuông, Ngài đầu vẫn búi tóc, càm vẫn để râu, là hai cái nghi. Lễ Phật thường thì tụng kinh gõ mõ, giờ sao dạy lâm râm mặc niệm, không la ó gì, là ba cái nghi. Thờ Phật lâu nay chỉ thờ tượng cốt, nay lại thờ trần điều, là bốn cái nghi. Cúng Phật thường cúng chè xôi, lý do gì lại bác bỏ hết mà chỉ cúng hoa tươi nước lã, là năm cái nghi. Tất cả các nguyên cớ dẫn trên tập hợp lại thành một lưới nghi, khiến chánh quyền kết luận rằng Phật Thầy không phải là một nhà tu hành chân chính, mà là một gian đạo sĩ, chuẩn bị quần chúng để làm một cuộc nội loạn.

Đức Phật Thầy bị quan Tổng Đốc An Giang xuống lịnh bắt Ngài đưa về Châu Đốc câu lưu.
Tại Châu Đốc, Phật Thầy đã đem tài hùng biện và dùng những huyền nhiệm để ứng phó với các viên chức chánh quyền. Những lời đe dọa, những cuộc thẩm vấn gắt gao, cùng với những trò thử thách đều được đưa ra, nhưng không hề làm lung lay được tâm hồn hiền thánh. Sau đó, không rõ là bao lâu, người ta phóng thích Ngài.
Tuy nhiên để hợp thức hoá Phật Thầy như một nhà sư bình thường của đạo Phật và để kiểm soát, theo dõi mọi hoạt động của Ngài, người ta buộc Ngài phải thế phát và phải vào tu tại chùa Tây an, một ngôi chùado chánh quyền cất sẵn từ năm Thiệu Trị thứ bảy (1847) qua bàn tay kiến trúc của quan Tổng Đốc Doãn Uẩn. (7).

Từ đó, PhậtThầy, trên phương diện pháp lí, là một nhà sư của chùa Tây An. Để tự túc sinh sống, chánh quyền có cấp cho Ngài tám mẫu ruộng bên chân núi Sam. Tại đây đã có sẵn một sư trụ trì thuộc phái Lâm Tế, có nhiều tượng cốt Phật, có gõ mõ tụng kinh!

Ngộ biến tùng quyền, mặc dù trong một hình thức trái với chủ trương cải cách tôn giáo của Ngài, Phật Thầy vẫn ẩn nhẫn tùy thời để thi hành sứ mạng lập tông hành giáo.
Tưởng nên nói rõ rằng chủ trương của Phật Thầy là lấy Đạo Phật làm căn, nhưng không thờ Phật cốt, không gõ mõ tụng kinh, không đầu tròn áo vuông, không hành nghề thầy đám, không cúng kiến chè xôi và tu đâu cũng được. Theo giáo lí của Ngài thì người tu cốt tránh ác làm lành, rửa lòng trong sạch, giữ tâm thanh tịnh và hằng thực thi bốn ân lớn: ân tổ tiên cha mẹ, ân đất nước, ân tam bảo, ân đồng bào và nhân loại (8).

Cũng tại chùa Tây An núi Sam, Phật Thầy cảm hóa được vị thiền sư chủ chùa và thu hút hằng chục vạn thập phương thiện tín. Người ta xem Ngài như một Hoạt Phật và tôn xưng Ngài là Phật Thầy Tây An. Danh hiệu này là thế tôn, không phải Ngài tự đặt.

Ngài cũng chỉ thị cho các đại đệ tử mở rộng việc truyền giáo ra khắp bốn phương, tiếp tục phát phù trị bịnh, tiếp tục cấp lòng phái Bửu Sơn Kì Hương để thu nhận thêm nhiều đệ tử. Cái bối cảnh Xẻo Môn trước kia giờ đây bộc hiện tại núi Sam với một niềm tin mãnh liệt và với một tinh thần phấn khởi hơn trước đối với người tin. Để tránh sự khủng bố của chánh quyền mà Phật Thầy tiên liệu là sẽ khó khỏi nếu cứ cho tập trung ở đó để truyền giáo theo chủ trương của mình, nên Ngài cho lệnh di tản tín đồ đi khai hoang tản mạn nhiều nơi. Các vùng cực xa xôi hoang vắng, chưa có vết chân ai bén mảng, là chỗ tốt cho sự thành lập các cơ cấu Bửu Sơn Kì Hương....