Sự tích Thiền sư Vạn Hạnh kể rằng Thiền sư giúp Lý Công Uẩn lên vua,lập ra triều đại nhà Lý.Những sự việc ấy được kể lại với những chi tiết ly kỳ như các điềm lạ được báo trước qua việc sét đánh thành chữ ở vỏ cây gạo,sâu ăn thành chữ ở vỏ cây đa,lông chó trắng có vết chữ “Thiên tử” và việc Thiền sư đã đặt ra những lời phù sấm về sau có ứng nghiệm,v.v…Những chi tiết ly kỳ như thế thường gặp ở nhiều sự tích, đặc biệt là ở các Thiền sư Giác Hải,Thiền sư Không Lộ,Thiền sư Từ Đạo Hạnh,…

Thiền Uyển Tập Anh còn cho biết thêm:Ngài ở Chùa Lục Tổ,làng Dịch Bảng,phủ Thiên Đức.Người Cổ Pháp,họ Nguyễn.Gia đình đời đời thờ Phật.

Thuở nhỏ Sư đã khác thường,gồm thông ba học nghiên cứu trăm luận,xem thường công danh.

Năm 21 tuổi xuất gia,cùng với Định Huệ thờ Thiền Ông chùa Lục Tổ làm thầy.Ngoài lúc hầu hạ,Sư học tập quên cả mỏi mệt.

Sau khi Thiền Ông viên tịch,Sư chuyên tập pháp môn Tổng trì tam ma địa,lấy đó làm việc riêng mình.Bấy giờ Sư nói ra lời nào thiên hạ đều cho là phù sấm.Hoàng đế Lê Đại Hành hết lòng tôn kính Sư.

Năm Thiên Phúc thứ I (980) tướng Tống là Hầu Nhân bảo kéo quân sang cướp nước ta, đóng quân tại Cương Giáp,Lãng Sơn.Vua mời Sư đến, đem chuyện thắng bại ra hỏi,Sư đáp:

“Trong vòng 3,7 ngày giặc phải lui”.Sau quả nhiên như thế.

Đến khi vua muốn đánh Chiêm Thành,việc bàn định chưa dứt khoát,Sư tâu: “Xin mau cất binh,nếu không, ắt mất cơ hội”.Sau đánh quả nhiên thắng trận.

Thường có kẻ gian là Đỗ Ngân,muốn mưu hại Sư.Khi việc chưa phát,Sư biết trước, đưa cho y một bài thơ:

“Cây đất sinh nhau bạc với vàng

Cớ sao thù nghịch mãi cưu mang

Bấy giờ năm miệng hồn thu dứt

Thật đến về sau chẳng bận lòng”.

Ngân sợ liền thôi. Ấy,tài tiên tri vãng giám của Sư đại loại như thế.

Bấy giờ Ngọa Triều bạo ngược,trời người oán ghét.Lý Thái Tổ khi ấy giữ chức Thân vệ,chưa lên ngôi.Trong khoảng thời gian này, những điểm tốt xấu xuất hiện lẫn lộn nhau.Như việc Hàm Toại chùa Ứng Thiên Tâm,châu Cổ Pháp,có con chó trắng,lông trên lưng kết thành chữ “Thiên Tử”.Sét đánh vào cây bông gạo để lại dấu chữ.Ngôi mộ Hiển Khánh Đại vương,bốn bề đêm nghe có tiếng đọc tụng.Cây đa chùa Song Lâm sâu ăn vỏ,thành nét chữ “Quốc”. Ấy đại khái những việc mà tùy theo chổ tai nghe mắt thấy Sư đã xét bàn thì mỗi mỗi phù hợp với điềm Lê diệt,Lý hưng.Vì vậy,ngày Lý Thái Tổ lên ngôi,Sư ở tại chùa Lục Tổ đã biết trước,bảo với người bác và người chú của vua rằng:

“Thiên tử đã băng ,Lý Thân Vệ hiện đang ở nhà,tay chân họ Lý túc trực trong thành lên tới số ngàn.Trong trưa này,Thân Vệ ắt được lên ngôi”.Rồi yết bảng ở đường cái nói rằng:

“Tật Lê chìm bể Bắc

Hạt Lý mọc trời Nam

Bốn phương gươm giáo dẹp

Tám cõi mừng bình an”.

Hai Vương nghe nói rất sợ sai người đi hỏi tin tức,quả đúng như lời Sư nói.

Đến ngày 15 tháng 5 năm Thuận Thiên thứ 16 (1025),Sư không bệnh,nói bài kệ:

“Thân như bóng chớp có rồi không

Cây cỏ xuân tươi thu héo hon

Tùy vận thịnh suy không hãi sợ

Thịnh suy đầu cỏ có phơi sương.”

Rồi Sư dạy đệ tử rằng: “Các con muốn đi đâu? Thầy không lấy chỗ trụ để trụ,không nương vào chỗ không trụ để không trụ”.

Nói xong giây lát thì tịch.Vua và sĩ thứ làm Lễ trà tỳ,lượm cốt đựng tháp để thờ.Lý Nhân Tông thường có bài kệ truy tặng rằng:

“Vạn Hạnh dung ba cõi

Thật hiệp lời sấm xưa

Quê hương tên Cổ Pháp

Chống gậy trấn kinh đô.”

Về chuyện một Đại Vương Hiền Khánh thì ban đêm thường vào lúc Sư thiền định bốn phía mộ đều có tiếng:

Tiếng phía đông nói:

Khánh vạn Tường nham với Quế phong

Ruột dễ,rồng thế,phụ nhau vờn

Triều tôn, Đông liệt ba trăm thế

Sáu tuất tời đây nhắm Thiên bồng.

Tiếng phía nam nói:

Nam hướng Phù ninh thần giữ nhà

Đời tươi trai gái lắm người ra

Thiên đức giàu sang đầy nhà cửa

Tám phương gặp Nữ thường xuất vua.

Tiếng phía tây nói:

Trông tây xa ngóng ngó Thiên trụ

Trai gái đời cao thượng tướng thủ

Thiên đức giàu sang cùng Viễn thế

Thọ mạng quân vương chín chín đủ.

Tiếng phía bắc nói:

Chính bắc Phù cấm đối Bạch hổ

Yên vui trai gái thường không khổ

Sống lâu Thiên đức sướng đời đời

Thế thế quân vương cầu Lục tổ.

Sư sai người chép lấy chúng và ghi lại mốc giới của ngôi mộ để Sư đến xem.Bèn nói bài kệ rằng:

Đông có Vũ long xóm

Nam có Vũ long bờ

Tây có quán Rừng hạc

Bắc có Trấn hải hồ.

Chặng lâu Sư lại hỏi:

Chỉ trong ba tháng thôi

Thân vệ lên ngôi xã tắc

Lạc trà ấn có chữ Quốc

Mười khẩu xuống nước đất

Gặp Thánh gọi Thiên đức.

Sau vua cải Cổ Pháp làm Thiên Đức ấy bởi đúng lời Sư vậy.Còn những chuyện xảy ra ở các chùa thì đều lấy ra từ Quốc sử.