27 năm sau trận chiến Đông Bộ Đầu, năm 1285 quân Nguyên quay lại lần 2, và năm 1288 quay lại lần 3. Giai đoạn lịch sử này nổi tiếng quá rồi, không dám viết lại nữa.

Tại Thăng Long, sự kiện lịch sử diễn ra cuối năm 1284 là Hội nghị Diên Hồng, khi Thượng hoàng Thánh Tông triệu tập các bô lão tại thềm điện Diên Hồng, ban yến và hỏi hoà hay đánh, thì tất cả đồng thanh ĐÁNH. Đây là chiến lược lấy lòng dân đồng thời truyền chính kiến của triều đình rất hiệu quả.

Năm 1285, nhà Trần rút khỏi Thăng Long, nhưng khác trước, đã có sự chuẩn bị từ trước nên khi quân Thoát Hoan vào, Thăng Long trống rỗng không người, không lương, không kho tàng. Do đó Thoát Hoan không ở lại đây mà đóng bản doanh bên kia sông, chỉ để quân giữ thành. Bốn tháng sau, sau trận Chương Dương, Hàm Tử, Trần Quang Khải lấy lại Thăng Long, rồi rước hai vua về. Ông đã làm bài thơ nổi tiếng:


Tụng giá hoàn kinh sư (Theo vua về kinh đô)
Chương Dương cướp giáo giặc
Hàm Tử bắt quân thù
Thái bình nên gắng sức
Non nước ấy ngàn thu.

Năm 1288, Thoát Hoan lần nữa chiếm được một Thăng Long rỗng không, rồi hai tháng sau phải rút chạy. Trước khi rút, quân giặc đốt cung điện, phố xá. Nhà Trần sau khi hoà bình phải xây dựng lại từ đầu.

Sau 3 lần thất thủ trước quân Nguyên Mông, Thăng Long được yên ổn hơn 80 năm, cho đến khi lại bị thất thủ trước quân Chiêm Thành 4 lần nữa.