Từ trước đến nay, giới Phật giáo trong nước cũng như trên khắp thế giới đã có nhiều tranh luận xung quanh việc liệu Mật tông có phải do chính Phật Thích Ca thuyết ra hay không. Hai luồng dư luận phủ nhận và khẳng định đều có những lý lẽ riêng của mình.

Những người không chấp nhận kinh điển của tông phái này là đạo Phật, cũng như bác bỏ cách tu hành của tông phái này là không thể hiện tính cốt tuỷ của đạo Phật, thường có các quan điểm chung như sau :

1/. Dựa vào các cuộc nghiên cứu lớn về lịch sử đạo Phật, đều không có chứng cứ lịch sử nào cho thấy Mật tông là do chính Phật thuyết. Cả ba lần kết tập kinh điển đều không có các kinh Mật.

2/. Đạo Phật nguyên thuỷ phủ nhận linh hồn & thượng đế (Vô ngã), ngay sau khi giác ngộ Phật Thích Ca đã hướng tâm đi tìm linh hồn & thượng đế nhưng không thấy. Tuy nhiên Mật tông lại có cả linh hồn & thượng đế (Hữu ngã). Trong quá trình phát triển của các tông phái Phật giáo, sự xuất hiện các lý thuyết về linh hồn & thượng đế thường có các dạng như :

+ Linh hồn hữu hình (thân trung ấm) : sau khi chết, con người sẽ đi vào trạng thái thân trung ấm, trải qua các giai đoạn khác nhau trước khi tái sinh vào một đời sống mới. + Linh hồn vô hình : sau khi chết, thức ấm sẽ đi tìm bụng mẹ để tái sinh + Thượng đế hữu hình : một đấng toàn năng làm chủ một quốc độ trang nghiêm thanh tịnh nào đó. Nếu người ta tin tưởng vào vị này và thường tụng niệm cầu khấn danh hiệu thì sau khi chết sẽ được vãng sinh vào cõi nước đó, hưởng phúc vĩnh viễn. + Thượng đế vô hình : hay còn có các cách gọi khác là pháp thân, bản thể chân như, thể tính, đại ngã, duy ngã độc tôn, tâm bản nhiên ... là trạng thái nhất thể tuyệt đối phủ trùm vạn hữu, thực tại phổ quát không phân ly nhưng tất cả lại vọng sinh ra từ đó. Các mô tả về trạng thái này giống hệt Đại Ngã - Chân Ngã của Yoga Ấn Độ.

Nhiều người theo Phật giáo nguyên thuỷ phủ nhận tính Phật giáo của Mật tông thường cho rằng sở dĩ người tu Mật nhìn thấy thân trung ấm và nhận tha lực từ các cõi giới siêu hình của Thần Phật là vì sự tu luyện của họ vẫn còn trong vòng Tưởng tri chứ không phải Liễu tri. Vì họ tu Tưởng nên có quan kiến giống hệt các tôn giáo khác, về linh hồn sau khi chết, về các cõi giới siêu hình, về sự cứu rỗi, ban rải tha lực của thánh thần. Còn về đại ngã - pháp thân - bản thể chân như - tâm bản nhiên - giác tính bất nhị của Mật tông, thì nhiều nhà tu hành nguyên thuỷ cho rằng đó chẳng qua là tưởng Thức của định vô sắc Thức Vô Biên Xứ mà thôi. Khi chứng nhập định này thì sẽ thấy tâm thức phủ trùm vô hạn, phi không gian thời gian. Và tất cả các cõi giới siêu hình cũng như nhất thể tuyệt đối pháp thân này đều là do tưởng thức lưu xuất ra, không thật có và không phải là Niết Bàn của đạo Phật nguyên thuỷ.

Các nhà nguyên thuỷ này có cách lý giải là trước khi tìm ra con đường để đi đến giác ngộ giải thoát, đức Phật đã tu chứng các định vô sắc, trong đó có cả Thức Vô Biên Xứ (pháp thân - đại ngã - bản thể chân như - thể tính, ...) nhưng không thấy giải thoát, nên đã bỏ. Quá trình chứng nhập các định vô sắc như sau :

Giữ tâm không suốt các thời -> chứng nhập Không Vô Biên Xứ định
Xa lìa tưởng Không -> chứng nhập Thức Vô Biên Xứ định
Xa lìa tưởng Thức -> chứng nhập Vô Sở Hữu Xứ định
Xa lìa tưởng không của Vô sở hữu xứ -> chứng nhập Phi Tưởng Phi Phi Tưởng xứ định
Các nhà nguyên thuỷ cho rằng, các phép tu của Mật tông để chứng nhập pháp thân - bản thể tuyệt đối, thực chất chính là từ Không Vô Biên Xứ đi vào Thức Vô Biên Xứ. Trong pháp vô thượng du già quan kiến (tối thượng mật tông), người thầy trước tiên giới thiệu trò vào tâm bản nhiên, rồi khi trò đã biết tâm bản nhiên rồi thì cứ hướng tới trạng thái đó mà tu hành, giữ tâm vô phân biệt đến khi nào an trụ hoàn toàn trong tâm bản nhiên thì đắc đạo. Đây gọi là lấy mục đích làm phương tiện, hoặc "kết quả thừa". Để có thể rơi vào tâm bản nhiên, thì trước hết người ta phải phát triển tâm không bằng một nghi vấn, hoặc một đối tượng được bám nắm chặt chẽ trong tâm, đến khi có một tác động đột ngột vào thân hoặc tâm, thì tưởng Không sẽ vỡ tan và Thức Vô Biên sẽ xuất hiện (giác tánh bất nhị phủ trùm vạn hữu). Điều này tương tự pháp thiền quán của mật tông, khi đã chứng nhập tâm không, hành giả sẽ khởi quán đẩy lui tưởng Không và sẽ giác ngộ nhất thể tuyệt đối. Vì vậy quy trình này được các nhà nguyên thuỷ quy về Thức Vô Biên Xứ Tưởng Định, một trạng thái tâm của tưởng định vẫn còn vô minh lậu ở trong định và dục lậu khi ra khỏi định.

3/. Một điểm quan trọng khác mà một số phái nguyên thuỷ đưa ra để phủ nhận tính Phật giáo của Mật tông là con đường Phật giáo nguyên thuỷ là Tam Vô Lậu Học (giới vô lậu, định vô lậu, tuệ vô lậu), là pháp Vô Lậu dẫn đến đích Lậu Tận Trí (không còn lậu), nhưng Mật tông là pháp Hữu Lậu vì mặc dù cũng tu giới, định, tuệ, nhưng trong pháp vô thượng du già, dục lậu vẫn được chấp nhận tồn tại và quan điểm cho rằng đó là pháp tu Tam Hữu Lậu Học, chứ không phải Tam Vô Lậu Học. Pháp tu Vô Lậu của đạo Phật nguyên thuỷ khác xa pháp tu Hữu Lậu của Mật tông.

Khởi đầu pháp tu đạo Phật nguyên thuỷ là Ly dục (lìa dục lậu), trên cơ sở cuộc sống 3 y 1 bát, độc cư Ly dục (giới vô lậu), thì mới đi vào các định vô lậu (lìa hữu lậu). Trên cơ sở định vô lậu rồi mới dẫn tâm vào trí tuệ vô lậu giải thoát, diệt trừ vô minh lậu, đạt giác ngộ viên mãn, chấm dứt luân hồi sinh tử. Nhiều đoạn kinh nguyên thuỷ nói về quá trình tu chứng này của đức Phật, ví dụ như kinh Saccaka, kinh Trung Bộ (phẩm sợ hãi khiếp đảm), ... đều là một quá trình lần lượt : sống độc cư giữ giới vô lậu, nhập các định vô lậu, dẫn tâm vào trí tuệ giải thoát vô lậu.

Khởi đầu pháp tu mật tông là nhận quán đỉnh, nhận tha lực của thế giới siêu hình. Và cho đến khi chứng đắc vô thượng du già thì người ta vẫn còn dục lậu, vẫn có thể quan hệ tình dục. Đã còn dục lậu thì sẽ còn hữu lậu, sẽ còn vô minh lậu, và như vậy, với ý nghĩa giải thoát của đạo Phật nguyên thuỷ thì mật tông không thực hiện được. Và cũng bởi vì pháp tu không hướng tới việc diệt trừ lậu hoặc nên trí tuệ tu hành mà người tu mật có được là trí tuệ Tưởng tri (vẫn còn dục lậu, hữu lậu, vô minh lậu) chứ không phải trí tuệ Liễu tri (đã diệt trừ dục lậu, hữu lậu, vô minh lậu) của người tu theo đạo Phật nguyên thuỷ.

Chính vì chứng đắc tuệ Tưởng tri mà hành giả mật tông, cho dù đã an trụ trong giác tánh bất nhị của vô thượng du già, nhưng vẫn thấy có thân trung ấm sau khi chết (giống các tôn giáo khác), có những thế giới siêu hình với các quốc độ cổ Phật trang nghiêm thanh tịnh cực lạc (giống thiên đàng của các tôn giáo khác), và phương pháp tu hành thì theo các nhà nguyên thuỷ là rất nặng tính mê tín vì phải cầu khấn cúng vái thế giới siêu hình. Trong khi Phật đã từng giảng là "sau khi chết, nếu còn một tí thức nào tồn tại dù chỉ như kẽ móng tay thì giáo pháp ta không tồn tại", và "33 cõi trời chỉ là các cõi tưởng tri". Cũng vì người tu pháp Vô Lậu của pháp Phật nguyên thuỷ, do đã diệt tận gốc Tưởng Tri nên mới nhìn ra được bản chất huyễn ảo của thế giới siêu hình linh hồn thượng đế thần thánh, ... và không bị phụ thuộc vào nó như các tôn giáo mê tín khác. Tuy nhiên Mật tông đã đi vào vết xe đổ này của các tôn giáo kia khi bị phụ thuộc nặng nề vào thế giới siêu hình trong suốt quá trình tu luyện. Nhiều vị thầy nam tông còn khẳng định các linh thể nhập vào các tranh tượng của mật giáo thực chất toàn Atula bậc thấp biến hình giả Phật, để hưởng các vật thực cúng dường, vì nếu là chư thiên bậc cao thì không ai thèm nhận những thứ đó, chứ đừng nói là Phật.

4/. Một đặc điểm nữa khiến nhiều thầy nguyên thuỷ cho rằng Mật tông thực chất không khác Bà La Môn giáo chính là ở đặc điểm thượng tầng kiến trúc nắm quyền xã hội. Các Lạt ma, các pháp vương mật tông thay nhau nắm quyền điều hành xã hội, việc này, theo giới tu nguyên thuỷ thì không khác giai cấp Bà La Môn ở xã hội Ấn Độ.

Do vậy, chủ yếu dựa vào các quan điểm trên mà đa phần giới tu hành đạo Phật nguyên thuỷ không chấp nhận Mật tông là đạo Phật. Tuy nhiên giới tu Mật cũng có rất nhiều ý kiến trái ngược, và thậm chí còn lập ra những tổ chức để bảo vệ uy tín của mật tông trên thế giới. Không những vậy, phần nhiều trong số họ tin tưởng rằng mật tông là pháp cao nhất mà Phật bí mật truyền lại cho rất ít người, và đó là con đường nhanh nhất, ngắn nhất để đắc đạo (tu tắt).

Copy từ vijaya